西暦2125年——世界は「シンギュラリティ戦争」に飲み込まれていた。 最先端のマキナ級ユニットを駆る人類と、深宇宙から襲来し文明を滅ぼそうとする機械生命体「シンギュラリティ」との壮絶な戦いが繰り広げられていた。 混乱の最中、ヌサンタラ・マキナ軍（NMA）のエリートライダーである レイハン・“レイ”・ディルガンタラ は、人類がこの圧倒的な力によって蹂躙されていく様を目の当たりにする。そして、最後の決死作戦「オペレーション・ラストスタンド」にて、地球最後の部隊とともに最後の一滴の血が流れるまで戦い抜く。 仲間たちは次々と倒れ、ついに戦場には彼一人だけが残された。 彼は伝説のマキナ A01-ガルーダ を駆り、シンギュラリティの大艦隊にたった一機で立ち向かう。 死が唯一の結末であると知りながらも、決して退かない。 そして、激戦の果てに、彼のマキナは爆発し、意識が闇へと沈んでいく…… だが、運命は彼を見放してはいなかった。 死の淵で、彼は デウス・エクス・マキナ ——人類が滅びる直前に生み出した量子超AIと対峙する。 そのAIは、彼の体に オムニ・マキナ・システム（O.M.S） を埋め込み、「プロトコル・リバージョン」を発動。 ——彼の意識を過去へと送り返した！ 目を覚ましたレイハンは驚愕する。 そこは10年前——彼がまだヌサンタラ・ライダー・アカデミーの士官候補生だった時代だったのだ！ [オムニ・マキナ・システム起動……ライダーとの同期率100%] このシステムにより、彼は未来のマキナ級ユニットの設計図を知るだけでなく、無限の可能性を秘めたメカを開発・改造・制御する力を手に入れた！ 未来の知識と オムニ・マキナ・システム を武器に、レイは決意する。 ——歴史を変える。 ——人類が滅びる前に、シンギュラリティを討つ