西暦二〇三五年。宇宙から飛来した巨大隕石がアラスカ北部に落下した。その中から巨大生物が世界に飛散して、猛毒のウィルスをばら撒き、人類を危機に陥れた。その巨大生物はビッグバグと呼ばれ、駆除するために世界連合軍を編成して都市に寄生するビッグバグを核兵器で殲滅しようとするも失敗。最後の手段として気象兵器で大洪水を起こし、世界の都市は水没してしまった。それから十年後、離れ小島に住む少年・蒼井海斗は漁師をしながら生き残った村人と生活していた。そこへ月島未来という少女がコクーンという乗り物に乗って漂流してくる。その少女は何か秘密を持っており、ヘリで追いかけてきた黒服の男にさらわれてしまう。海斗は未来を助けるためにボートに乗って冒険の旅へでかける。