惑星アーテラ。 その惑星では人間、エルフ、ドワーフと呼ばれる人類が共存していた。 彼らは時に助け合い、時に敵対しながらも歴史を紡いで文明を発展させてきた。 その発展の腕は、宇宙へと伸びていった。 ある時、人類統一政府の理不尽な計画に反発したエルフ、ドワーフの亜人達は『亜人同盟』という組織を結成し、人間と敵対することを宣言した。 それに対して人間側も『惑星連合』という組織を結成し、亜人同盟と真っ向から衝突する。 時を同じくして、とある一人の天才科学者が『エーテル』と名付けられたエネルギーを発見する。 しかしそのエネルギーは兵器転用され、両陣営共『エーテリアス』と呼ばれる人型兵器を開発する。 とある中立コロニーに暮らす少年、アルト・クロスライトは、授業をサボっていた時に一機のエーテリアスを目撃する。 機体は墜落し、アルトそちらに駆け寄って機体のパイロットを助け出そうとする。 そこで一人の少女と、一体の電脳少女と出逢う。 そしてアルトは、時代の転換点という名の争いに身を投じていくこととなる―――。