魔法少女シャイニーフラワーのメンバー、ホワイトリリーこと白川百合子は、敵対する暗黒帝国ローザックの手により捕らわれる。「悪の魔法少女ブラックリリー」として生まれ変わった百合子は、シャイニーフラワーの他のメンバーを味方に引きずり込むため、暗躍を開始するのだった。