人類最高の人工知能である『ダアト』が人類に反旗を翻してから十年。 『ダアト』は人類に対して『グロテスク』と呼ばれる巨大ロボを駆使して攻撃を開始した。 人類は、そんな『ダアト』の侵略に反抗する為、『アヴァター』と呼ばれる遠隔操縦式ロボットを開発する。 そんな『アヴァター』の操縦技術に長けた十五歳の少年、極（きわみ）・辰己（たつみ）は、ひょんなことから『ダアト』の侵略に反抗する防衛組織『セフィロト』に加入することになり、対グロテスク用アヴァター兵器『ヴィシュヌ』を操縦して戦うことになる。