『闇を祓う者』は、霊的な力を持つ高校生・涼を中心に、彼が繰り広げる祓いの物語です。涼は、特別な能力を持ちながらも普通の高校生活を送り、霊的な力を使った依頼をこなすことを生業としています。彼の仲間であり、幼馴染である結衣は霊的な力を持たないものの、涼を支え続ける大切な存在。一方、転校生でありながら霊的な戦闘能力に長けた颯斗も加わり、涼たちのチームはさらに強化されます。

物語は、白鷺学園での日常と、涼が依頼を受けて霊的な問題を解決するシーンを交錯させながら進みます。涼が抱える心の葛藤や、普通の高校生活に馴染めないという孤独感、そして霊的な問題に直面するたびに感じる違和感が描かれます。涼は、能力を使うたびに自分の内面に潜む闇とも向き合わねばならず、それが物語の鍵となっていきます。

第1章では、涼たちが学園生活を送りつつ、ある日、奇怪な霊的現象が続く屋敷の依頼を受ける場面が描かれます。この屋敷には強力な霊が潜んでおり、涼たちはその解決に乗り出します。しかし、この屋敷の霊はただの霊的な存在ではなく、過去に深い因縁があるものだったため、涼たちは思わぬ困難に直面します。霊剣を使い、結衣の精霊力を借り、颯斗の力を頼りにしながら進んでいきますが、その屋敷が持つ恐ろしい秘密が明らかになるにつれ、彼らの絆や信頼が試されることに。

物語が進むにつれて、涼は自らが背負う「祓う者」の運命と向き合わせられ、霊的な力を行使することがどれだけ重い責任を伴うかを知ります。彼の周囲には、霊的な問題を解決しながらも次第に不穏な出来事が増えていき、涼が守るべきもの、そして失いたくないものが見えてきます。涼と結衣、颯斗の三人は、依頼をこなしながらも、自分たちが向き合うべき闇と成長していく姿が描かれていきます。

最終的に、涼が「祓いの者」としてどのように自分の使命を全うしていくのか、その成長と葛藤を見届けることがこの物語の大きなテーマとなります。また、涼が手にする霊剣には、ただ霊を祓う力だけでなく、彼自身の成長と覚悟が込められており、それが物語の中で重要な役割を果たします。