1945年9月、東京。焼け野原になった街の裏側で、ある戦後処理が行われていた。 731部隊による人間兵器、その残党の殲滅である。 不死身の少女兵士・砕花（さいか）は、生きて自由を得るため、 死神と恐れられた衛生兵・近衛勘九郎（このえ・かんくろう）を部下に、 同胞殺しの任に就く。