エイリアンによる侵略「人類独立戦争」の辛勝から三十年、保たれ続けてきた世界平和の裏で生じる犯罪を抹消する、各国の諜報機関や秘密警察。 日本の極秘組織である公安警察は、今年十月に開催される東京サミットにて首脳陣の抹殺を試みる謎の組織「レムナント」の調査及び阻止をインターポールより要請される。 同・特殊捜査局の二課に属する神崎悠人、またの名をコードネーム《トワイライト》は、転属となった似那和香（コードネーム《オリヴィア》）と共に、公安総監の眞木からの勅命で独立行動を開始。 平和の転覆を目論むレムナントの陰謀は、日本政府――そして世界の抱える陰謀と衝突する。 偽られた平和な理想郷か、それとも偽りのない非情な現実か。 引き金を引く覚悟の下に、日本は再び動き出す――。