突然入り込んでしまったゲームのような世界。 第3次神魔大戦の結果、魔神を含む全ての魔の存在が塔から追放され、平和が訪れたと思われた。 しかし、突然現れた未知の敵アウターによりプレイヤーたちは全滅してしまう。 過去の神魔大戦を防ぎ、塔の最上階でアウターを迎え撃つことができれば…！ 唯一生き残った長谷川遼は、時間を巻き戻すアイテム「クロノスの砂時計」を求め、塔の最上階にある万魔殿を目指す。 万魔殿の宝物庫の主人となって過去に戻り、チュートリアルからやり直すことになった遼は、回帰前に手に入れたスキルを駆使して再び塔の最上階を目指す。