“もうひとりのスパイダーマン”ことマイルス・モラレスが、謎の組織によって拉致された！愛する息子を救うため、元Ｓ．Ｈ．Ｉ．Ｅ．Ｌ．Ｄ．の工作員であるマイルスの父ジェファーソンが立ち上がる。そこで彼に協力を申し出てきた、意外な人物とは！？目的も正体も不明の組織を相手にした、命懸けの救出劇が始まる…！