近未来、日本がある独裁政権によって支配されている。海底噴火によって、小笠原諸島付近に新たに出来た島がさらに噴火。大怪獣バキラが目覚める。 　小笠原諸島近くに潜伏するレジスタンス組織はバキラを利用し、日本を取り戻そうとする。政権側は「日本は世界に名だたる怪獣国家である」と自信を見せる。日本近海など、様々な場所で、バキラと日本各地に生息する怪獣たちが激しく戦う。バキラは日本を取り戻せるか⁉