太陽系が失われた今、残された人々が移り住んでいたのが「大地球」である。昭和の日本を感じさせる街並みに懐かしさとあたたかさを感じる鉄郎、しかしそこで「銀河鉄道」の無期限パスを盗まれてしまった!このままでは一生この星で生活をしなければいけなくなってしまう…。そこで鉄郎は、自分の旅の目的、そして置かれている状況を突きつけられる出会いをする。一方、アルティメータ星系のトレーダー分岐点である「ヘビーメルダーII」では、メタノイドとの決戦に向けて光の宇宙の代表者による会議が行われていた。そこで女海賊クイーン・エメラルダスとマゾーンの全能なる女王・ラフレシアが対峙したのは…。