以下、あらすじ。ネタバレ注意！ 　この世の空は二〇一〇年を境に真っ赤の染まった。そして「エクリプス」と呼ばれるバケモノが誕生した。エクリプスは人を襲い、襲われた人間は赤化病に罹り新たなエクリプスとなる。 　エクリプスと戦う戦う恐怖から一人の少年が中枢都市「京」から逃げ出し、運悪くも「ロストシティ」という入ったら二度と出てこれない弱肉強食の地にたどり着く。そこで出会った「若」と「姉御」は唯一エクリプスと対等に戦える存在であり、少年は二人の元で働くこととなった。逃げ出したり裏切ることがあればすぐに命を取ると脅されており、少年は生きるために彼女たちと行動を取ることとなる。 　若と姉御を常にサポートしているのがドクターである「シオン」で、彼女は医者として働いている。基本的には内勤だが、必要とあれば若と行動を共にすることもある。 　若たちと敵対する《夕陽》一派が北部に現れ始めたため、少年は若の付き添いで遠征することとなる。そこで新たに出会ったのは珍しい髪色をした少女ユリで、若たちとはまた違う強さを持っていた。北部でエクリプスや《夕陽》の一部メンバーを倒した後も若は探索を続行し、そこで罠にかかり重症を負ってしまう。 　一番の戦力である若が欠けるタイミングで、大型のエクリプスが誕生してしまう。姉御とユリがなんとか持ちこたえるが、若が戦線復帰した時にはユリが重症、姉御もかなり負担がかかった状態だった。その後、碧眼となったユリを庇い姉御が死亡。復讐心から若が一人でエクリプスを倒す。 　若には超人的な能力と引き換えに記憶の欠損が起こっており、姉御の死後、彼女がつけてくれていたノートから記憶を取り戻す。そして平和だった青い空の日常を取り戻すため、シオンの応援も受けて奮起する。 　またユリは一命を取り留めており、姉御からもらった瞳を武器に若を支えていくのであった。