西暦1900年初頭にシベリアで起きたツングース隕石にこの物語は始まる。 隕石が落下した付近から発見された未知のウィルス。 そのウィルスに 目をつけた人物。 その人物は大国の高官と共謀し地球平服を企む。 一方、環境破壊、温暖化により地球は危機的状況に陥っており、人類は 地球外惑星への移住を立案、実行に移し始める。その隙を突くように、 カルト教団ゼウスが暗躍。先に述べた大国と共謀して地球平服を企む組織 それがゼウスだったのだ。ゼウスはウィルスを使い、世界を恐怖で支配した。 ウィルスがある限り、世界各国は逆らうことが出来ないでいた。 その中でただ一国、日本だけは、ゼウスに対抗するべく究極兵器、 機動要塞を何機か秘密びに製作していた。その全ては一見何の変哲も 無い研究施設や観光地に隠され、起動するためのマスターキーとなる 人間を設定した。その人物は、ゼウスによって抹殺されることを避け るため、敢えて過去に存在する人物をあてがっていた。 この物語の主人公である坂井弘幸もその一人である。 彼は、未来からワケも分からないままに召還され、彼の元の職場である、 最先端科学技術研究所でゼウスの襲撃に遭い、九死に一生を得たところで かつての研究所の上司達の子孫である娘達と出会う。 襲撃で助けたアンドロイド達とともに逃げ込んだ研究所のサーバー ルームで機動要塞の起動を実行することとなる。 訳もわからないままに坂井は、機動要塞アルタイルとその管理 コンピュータのベガとともにゼウスとの戦いに巻き込まれていく。