ある研究所の一室で、彼女は造られていた。 　通常の兵器が通用しない、欲望から生まれる人を襲う災害、ケモノに対抗するための兵器、機械乙女。 　彼女はその機械乙女である。 　ある日、機械乙女を造っている研究所が、ケモノに襲撃されるところから記録は始まった。 　研究所の人達が全滅し、ケモノが彼女に襲い掛かろうとした時、彼女は覚醒する。 　――マホ―シ―ウジョ――――― 　動かないはずの彼女が突如動き出し、ケモノと戦い、人を、魔法少女を、国を助け始める。 　それから民衆は彼女を追いかけ、常に戦う彼女に救いを求めていく。 　彼女を造ったはずの国は、彼女の後継を造れず混迷し、彼女の紛い物しか生み出せず、彼女を捕まえようとする。 　彼女と同じ目的を持ち、同じ敵と戦うはずの魔法少女達は、彼女と対立していく。 　そのような中で、彼女の事を想う少女が現れる。 　同じ目的を持つはずの魔法少女にも攻撃され、傷つき戦えなくなった彼女。 　彼女に寄り添い、支える少女は、壊れそうな彼女に思いを寄せていく。 　造られた存在である彼女は、自身を支える少女に何を思うのか。 　静かな時を過ごす彼女と少女を、周囲は放ってはおかない。 　そして災害とされていたケモノを発生させている、巨大なケモノが確認される。 　巨大なケモノは強大だが、倒すことで全てのケモノは消え去ると伝えられる。 　ケモノと戦い続けた彼女に、民衆は希望や期待を寄せる。 　ケモノと戦う魔法少女は、彼女を戦力として利用しようとする。 　ケモノと戦うために造られたのが機械乙女だと、国は言う。 　ケモノを消失させるための作戦が始まり、彼女はまた動き出す。 　少女のもとからいなくなり、巨大なケモノと戦う彼女。 　巨大なケモノを倒した彼女が倒れるとある魔法少女が手を伸ばす。