光と闇、相容れぬ二つの勢力は、鉄郎の真心に大きな影響を受け、互いを知り、互いを受け入れ新たな未来への一歩を踏み出すこととなる。そのころ鉄郎は、消滅した太陽系を復活させるための銀河超特急999号での旅を続けていた。向かうは終点「エターナル」!順調かに思えたその時、新機械化帝国の移動要塞が出現し、999号はその内部に捕らえられてしまった。絶体絶命の危機にメーテルは、新機械化帝国の指導者、ダークナスとの対決を決意。そして鉄郎は因縁深き黒騎士ガイゼルとの対決に臨もうとしていた。二人の最後の戦いが、今始まる!!