名だたる刀剣が戦士へと姿を変えた存在・刀剣男士たち。とある本丸にて、十五振りの刀剣男士は主をなくし漂流していた。そんな彼らを突如、歴史改変を目論む時間遡行軍が襲撃する。その後、時の政府から彼らに「強襲調査」という名の任務がもたらされ――?