目を覚ますと、100年後のトーキョーの地下50階にいた阿部 愁（アベシュー）は、そこで出会ったシマリス女子・タミコと力を合わせ地上へと脱出する。
その途中で知り合った美少女狩人・ノアの案内で辿りついたスガモ市では、久しぶりに大勢の人間や文明の匂い、そして美食に触れて興奮が止まらない!!
けれど浮かれたのも束の間、菌職テストによって自分がこの世界で神聖視され、政治的に超高度な存在となり得る〝糸繰士〟だと知ったアベシューは…!?