ある夜、市内で原因不明の高熱を訴える患者が続出する。 調査を進めるうちに、人々を襲うのは金属粒子を組み込まれた蚊であり、その唾液腺には微小なナノマシンが潜んでいた。 研究員の三神は廃駅の地下空間で見つかった培養装置を発見し、これらの蚊が制御プログラムによって大量に増殖している事実を突き止める。 さらにEMPを用いた一時的な停止では不十分と判明し、強い気圧変動と音波の同時発生によりナノマシンを完全に破壊する計画が立案される。