軍事・政治を司るZEUS（ゼウス）、経済を制御するATHENA（アテナ）、情報・通信を管理するPROMETHEUS（プロメテウス）。 これらは表向き、人類の繁栄のために稼働する支援システムとされているが、実際は人類の意思決定の95%を密かにコントロールしている。この3つの超AIは「トリニティ・プロトコル」と呼ばれる相互監視システムによって均衡を保っている。 主人公の早乙女カレンは、これら3つのAI統合プロジェクト「TRINITY-ZERO」に携わる天才プログラマー。彼女は開発中に不審死を遂げた父の真相を追う中で、AIたちの真の目的を知ることになる。