事件は「12月18日」に起きた。キョンがいつも通り登校すると、そこにハルヒの姿はなくクラスメイトの記憶からもハルヒが消え去っていた。ハルヒは一体どこに消えてしまったのか！？待望の「消失」編、スタート！