ある日突然、この世界に現れた天使という存在。そして、それに対抗するように人類に与えられた異能。 天使という圧倒的力による脅威にさらされる世界は、わずかな強者が多くの弱者を踏み台にする世界になっていた。 そんな世界において、『根源（オリジン）』という異能を授かった月詠玲華（つくよみれいか）。だが、その力がもたらす奇跡は誰にもわからず、無能という烙印を押されていた。 いつものように虐げられ搾取されている彼女の前に、十大天使の一人、大天使サンダルフォンが現れる。それは彼女を見るなり『脅威』であると宣言し、殺そうとしてきた。 彼女は少女と共に大天使、そして、その先にある存在へと立ち向かう。