１９９５年公開「ガメラ　大怪獣空中決戦」直系の続編にあたる秘蔵ストーリーー東京をギャオスから救った守護神ガメラ。ギャオス亡き今、世界は平和に思われたが、悪は容易には滅びなかった。長峰真弓と草薙浅黄はとある調査のためメキシコを訪問中、現地の落ちこぼれパイロット、ルッツと出会う。その夜半、メキシコ太平洋沿岸に謎の怪獣が来襲する。２人の過去・現在・未来に関わる大きな運命の渦に次第に巻き込まれていくルッツ。そして長峰真弓と草薙浅黄の運命は…！？