審神者によって顕現された付喪神・刀剣男士達は、時代を遡り歴史の改変を目論む時間遡行軍を倒す為、己が刀を振るう。江戸での任務を成功させ、帰還した第二部隊。和泉守と堀川は、自らの力不足に忸怩たる想いを抱える。さらに本丸では、第一部隊に出陣の命が下り!?