桜桃ひよりは魔法少女である。群羊県前坂市を主な活動拠点として、悪の組織ブラックシネマ団との戦いに日々明け暮れていた。 そんなひよりにある日、全国の魔法少女を管轄する組織から緊急招集がかかった。 召集された理由は殺人の容疑。その内実は仲間である魔法少女、海岬ほたてを後ろから惨殺したという凄惨なものであった。 身に覚えのないひよりは自らの潔白を訴えるが、犯行当日のアリバイを証明できず、結局嫌疑をかけられたまま帰宅。このままでは冤罪を被せられてしまうのではないかと恐れたひよりは相棒の聖天界の魔法生物ゼロムと共に真犯人を見つけるべく捜査に乗り出した。