今から40年前、地球は謎の組織、宇宙統一の会によって謎のサイボーグ怪獣による侵略行為を受けていた。そこで戦ったのが、世界の技術、そして古代の遺産により、大塩博士により作られたグレートアルファであった。その時、グレートアルファに乗ったチーム世界防衛隊、そのメンバー、明、宏、正男、学、久美子、彼らは、宇宙統一の会との死闘の結果、組織のボスである魔王大帝王を倒した。しかし、それから30年経った今でも、宇宙統一の会の正体は不明だった。その後、数々の侵略行為を受けるも新しいロボット達が登場し、グレートアルファは、地下で保管、レプリカを博物館に飾り、世界防衛隊のメンバーは隠居していった。しかし、突如として宇宙統一の会が復活！現役のロボット達は次々に倒されていった。その時、大塩博士の孫の健、そして、明と久美子の孫、湊が立ち上がった！グレートアルファは当時の最高技術つを使い、オーパーツとなっていた。グレートアルファの出力などを上げ、世界防衛隊を招集、それに応じた世界防衛隊は今再び、宇宙統一の会と戦うのだった！