史上最年少で宮廷錬金術師となったセイ・ファート。彼女は旅の途上、仲間たちと共に補給を兼ねて、師匠ニコラ・フランメルの工房「賢者の塔」へ立ち寄ることにする。しかし、塔にたどり着いた一行を待っていたのは、師匠が生み出した最強の魔導人形、メイドロボ・シェルジュとの予期せぬ戦闘だった!果たして、セイはこの窮地を切り抜けることができるのか――。