記憶喪失の主人公チミ（五歳）が、「スコーレ」と呼ばれる寄宿学校に向かうところから始まる。チミの暮らす「楽園」は「モナミ様」という神を信仰し、その神司であるミリヤが権力を握っていた。楽園では農耕、牧畜で自給自足をしながら、数千人の人々が暮らしている。人々は、楽園の外の世界は「悪魔に人の心が支配され、欲に溢れた世界である」と信じていた。楽園こそが、人々が安心して暮らせる世界なのだと。現に楽園の子ども達は自然に恵まれた環境の中のびのびと学んで育っていた。
一方、「外の世界」に住むマナトは低学年から問題児だった。しかし小学五年のときにできた親友シンのおかげで、穏やかな心で過ごせるようになった。ところが中学一年の夏休み、シンは家族とともに突如消えてしまう。マナトはシンの残した暗号をもとに、友人たちと協力して彼が消えたとされる「楽園」に乗り込む救出作戦を展開する。