青木真理は、廃墟と化した1990年代のVRプラットフォーム「Paradise World」でデジタル考古学の研究を行う考古学者。彼女は、放棄された仮想世界に残された「デジタルゴースト」を発掘し、その痕跡から歴史を紐解く日々を送っていた。ある日、真理は古い喫茶店「Cafe Yesterday」を発見し、そこにいる自律的なNPCバーテンダーと出会う。彼は、かつての常連たちの思い出や別れの瞬間を語り始め、真理はこの場所がただのカフェではないことに気づく。彼女は、失われた記憶を再生するための旅に出る。