ナノマシンと化した旧友・久遠と再会をはたした真夏たちは、実験の際に久遠から分離したナノマシンのAIである「ルネ」こそが、グレイグー現象の元凶であることを知る。強大な力でナノマシンたちを操るルネを、真夏たちは止めることができるのか!?