処はエド城下町。くノ一・花房琉璃は、妹・紫の治療費を稼ぐため殺し屋稼業を営んでいるが、いつも失敗続き。そんな折、成功報酬十万両の依頼が届くも、その内容はなんと、時のエド幕府将軍・徳山天頼の暗殺。琉璃は覚悟を決め、依頼に挑むことに。しかし、天才カラクリ技師にして冷酷無慈悲な独裁者と称される将軍の居城・"エド城"にはありとあらゆる罠が仕掛けられており……!?