(株)プロジェクトレンズのヤマトは実弟であるタカシの救助を求める。語られるのは、ジンがかつて彼らに及んだ凶行の全貌。そしてメインクエストを進めるなかで、ハガ達は長い年月を経て変わり果てたかつてのデバッガーに出くわすことになる。