大東亜戦争に勝利してから七十年後の大日本帝国。帝都･東京では、謎の怪物｢黒外套｣による政府要人の暗殺事件が続発する。怪異専門の陸軍部隊｢十三機関｣に所属する巫女･篝市香は、久遠零介を仲間に引き入れようとする。彼には"この世ならざるモノ"を見る力があったのだ。古の秘術と最新科学を武器に、異形の者たちとの死闘を繰り広げるメンバーたち。だが、忍び寄る闇はあまりに根深く強大だった。