新藤蓮也は、迷宮学院に入学したばかりのＦクラスの生徒。その中でも特に能力が低く、『劣等生の中の劣等生』と呼ばれる存在だった。 入学初日、学院の賑やかな雰囲気の中、突如として波乱が訪れる。上位クラスであるＥクラスの生徒がＦクラスを訪れ、唐突に決闘を申し込んできたのだ。指名されたのは、蓮也の隣の席に座る控えめな少女。彼女が選ばれた理由を知る者はいないが、その場にいた他のＦクラスの生徒たちは「自分が選ばれなくてよかった」と安堵の表情を浮かべていた。 だが、蓮也だけはその光景を見過ごすことができなかった。自ら決闘の相手に名乗りを上げ、彼女を守ると宣言してしまった。しかし、現実は甘くない。蓮也の能力では、相手に挑むどころか立ち向かうことすら難しい状況だった。それでも彼は諦めなかった。 決闘までの一週間、蓮也はクラスメイトたちの協力を得て修行に励むことにした。剣術や体力強化に挑む中、ある日、仲間が振り下ろした木刀の一撃が彼の頭部を直撃する。その瞬間、彼の中に眠っていた前世の記憶が目覚めた。 蓮也の前世は、最強と謳われた古代魔法師。その力として彼は、あらゆる魔法を完全に無効化する『無効化魔法』と、魔物のスキルを吸収して自身の力に変える『スキル吸収魔法』を使いこなすことができるようになった。 覚醒した蓮也は、決闘の場に立つ。圧倒的な実力差を覆し、Ｅクラスの生徒を打ち破るその姿は、周囲の生徒たちに衝撃を与えた。そして、この勝利を皮切りに、蓮也は学院内外で待ち受ける困難に立ち向かい、現代ダンジョンを成り上がっていく――。 『最弱』と呼ばれた少年の覚醒と成長の物語が、いま幕を開ける！