ある三つの数字が、時や場所において揃うと、不吉なことが起こるという都市伝説――。 都内で小中高の一貫校である烏元学園。 その高等部の生徒、松宮あかねはミステリー研究部に所属し、ある事実を追っていた。 ある日、彼女は親友との下校途中に携帯を置き忘れたことに気づき、学校へ一人で戻る。 誰もいない教室。 机の中を覗くと携帯が。 それを手に取り、急いでその場を立ち去ろうとした。 ふと何かに気づき、もう一度机の中を覗く。 一枚の封筒が目に入った。 怪訝に思いながらも、それを手に取るあかね。 恐る恐る中の紙を取りだすと、一枚の便箋が―――。 その十数分後、彼女はその場で息絶えた姿で親友に発見される。 警察による解剖の結果、松宮あかねの死因は謎のままだった。 その綺麗な外見に反し、内臓全てが液状化されていたからだ。 事件性を疑い、刑事である相川と高倉の二人は本格的に捜査に乗り出した。 松宮あかねが所属していたミステリー研究部員の話によると、死ぬ直前、彼女は、 『三、六、九の謎』 について調べていたという。 そのために彼女は、『呪われて殺された』と。 それを冷ややかに受け止める刑事二人は、捜査を続けていくうちにある事実を突き止める。 事件発生の推定時刻に、清掃員に扮した部外者が学校に紛れ込んでいたこと。 被害者が以前からクラスメイトにより、イジメの標的にされていたこと。 相川達はまず、その首謀格の生徒である藤枝颯希に聞きこみをする―――