趣味を持たない青年、神来社郁哉は、友人の九曜巴からの紹介で、携帯端末アプリ『モバイル怪獣』を勧められる。 モバイル怪獣はその名の通り、自分の持つモバイル機器内で怪獣を育てるゲームで、リリース当初から多くのプレイヤーが自分だけの怪獣を育て、三年後には世界大会が開かれるまでの規模に広がった。 道端で唐突に始まる怪獣同士のAR戦闘。自身の怪獣をアピールするネット上でのコンテスト。複数の怪獣を掛け合わせることで新たな個体にする合成。遊び方も目的も、無限に広がるモバ獣に、ある日、大型アップデートが施される。今度のアップデートの目玉は、VR空間でのオンライン通信。従来はローカルにしか対応していなかっただけに、戦闘の幅が少なかったが、これによりフィールドの幅も種類も格段に広がることとなった。 アップデートの知らせを受け、巴は郁哉を半ば無理やりモバ獣デビューさせる。これをきっかけに、郁哉は自身のパートナー怪獣と共に、新たな出会いや問題事にぶつかって行くこととなる。