遥か昔、女王アイラ・ムーの統治のもと、平和に繁栄していたムー王国。しかしムー王国を侵略しようと、凶悪なドラゴニア軍が襲い掛かってきた！　女王は王国の守護神像・ゴッドマジンガーに祈りを捧げる…するとその祈りは時を越えて、現代日本の少年・ヤマトの元へと届いたのだった!!