ユーカリの葉学園の生徒会メンバーが一堂に会す“ユーカリヒルズ会議”に潜入した蟻ケ崎さんと猫田くん。学園のトップシークレットを入手した二人は新しい世界の主となる「ユーカリのミカド」探しに奔走する。そんな中、ミカドの真実を知った猫田くんに最大の試練が…!! 「放課後ひみつクラブ」の存続はいかに……!? 全世界を駆け巡る学園ひみつコメディ、大団円へ!!