ジオンの捕虜となったセイラはアルテイシアを名乗りラル派の残党を糾合、ギレンを暗殺し全軍を掌握したキシリアに叛旗をひるがえす。一方ガンダムを失ったアムロはシャアのあとを追って要塞深部へ向かった。