巨人がすべてを支配する世界。巨人の餌と化した人類は、巨大な壁を築き、壁外への自由と引き換えに侵略を防いでいた。だが、名ばかりの平和は壁を越える大巨人の出現により崩れ、絶望の闘いが始まってしまう。エレンらの住むパラディ島の外には、他の人間が住む世界が広がっていた。その中の一国「マーレ」は諸外国との戦争中。苦戦を強いられる中、彼らはパラディ島に攻め入り「始祖の巨人」を手に入れる決意を新たにする。ここにもまた、必死に生きる子供たちの姿があった……。