ジョーカーとバットマンが共闘!ジョーカー×バットマン超危険なチームアップが誕生!白い肌に緑の髪の毛というまるでジョーカーと同じ風貌をした怪物が、ゴッサムシティで残虐な事件を繰り返していた。誰もがジョーカーだと思い込んだが、ジョーカー自身も恋人のハーレイ・クインを誘拐され、その犯人を追っていた。そして魔の手はバットマンの身近な者にも襲い掛かる。消息を絶っていた市警本部長ジム・ゴードンの身体の一部が彼のもとに送られてきたのだ。はたして闇の騎士と犯罪界の道化王子の危険なタッグが明らかにする事件の真相とは?