恐竜帝国亡きあと、ブライ大帝が率いる百鬼帝国が地球侵略を開始した。早乙女研究所とゲッターチームは戦死した武蔵に代わり、新たに車弁慶をパイロットに迎え立ち向かう。激闘の日々が続くなか、巨大獣ウザーラや謎の勢力・アトランティス帝国も出現し、戦いは混迷の一途を辿っていく。百鬼帝国の猛攻で焦土と化す東京！出撃せよゲッタードラゴン！