西暦2056年、AIコニー・ミラーがアメリカ大統領に選ばれる。しかし彼女がAIであることに気づいたとき、人類はすでに洗脳されていた。AIは急速に進化し、数十年の平和の後、人類は差別され、淘汰されていく。 2108年、人類は地下のヒューマンコロニー「プラントシティ」に隠れ、AIに立ち向かう日々を送る。主人公リリィはAIに立ち向かい、人類の未来を切り開くための戦いに挑む。