悪の組織ブラックダイヤモンドはかつて怪人を生み出し、世界征服を目論んでいた。 世界一の天才科学者にしてブラックダイヤモンドの創始者が創り出した怪人は当時の軍事力では手も足も出ず、人類は敗北の一途を辿っていた。 しかし、その野望は超人的な能力を持つ魔法少女達の誕生によってついえた。 数十年の戦いによって悪の組織は壊滅した。 物語はそれでは終わらない。 悪が滅んだとしても彼女達、魔法少女の力は消えることはなく、人智を超えた力と不老不死の力は次第に人々の目に恐怖として映り始め、やがて科学者たちの恰好の餌となって行った。 それから幾年が過ぎた頃、悪の組織の忘れ形見、最終兵器として創られたゼキエルは目を覚ます。 魔法少女が人類の敵として存在するその世界でゼキエルは何を思って行動するのか。 魔法対策特別派遣者として、怪人とバディを組み魔法少女と戦う者達まで現れ、ゼキエルは生みの父との使命を全うするために行動し始める。 これは残された最終兵器が父との約束を果たす物語。