新学期が始まり、新たな学校生活に期待を寄せる神崎優気(かみさきゆうき)の学校に始業式の最中、謎の怪物が現れた。教員や生徒が次々と逃げ行く中、皆を守ろうと使命に駆られ、不思議な力を発現しその場を乗り切った。この不思議な力をきっかけに神の使者という神様紛いの人間や合成獣など、様々な者らと関わりが生まれ途轍もなく大きなことに巻き込まれていく。異質な結果が立ち塞がる中一体どんな真実が待ち、どんな未来を掴むのか。