西暦１９９X年。 世界各地に『ダンジョン』と呼ばれる迷宮が現れ、無数の魔獣が出現した。 ダンジョン内では、近代兵器は作動しない。 世界の軍は敗退を続けた。 そんな時、滅亡に瀕した地球を救うべく、異世界から大賢者と名乗るシリウスが出現する。彼の設置した神殿の加護により人々は覚醒し、ダンジョン限定である魔術とスキルに目覚める。 スキルと魔術で魔獣を斃すためにダンジョンに潜る彼らは探索者と呼ばれるようになる。 そして、２００５年、最終作戦により、ひとつの探索者パーティーが魔王討伐に成功し、人類は危機を救われた。ひとりの英雄をダンジョンの奥深くに残して。 しかし、ダンジョンは依然として各地に残った。 ２０２５年、新米の探索者『霜村ハルカ』はダンジョン配信の途中、低階層には存在しえない高レベルの魔獣により絶体絶命のピンチに陥る。 その時、彼女を救ったのは２０年前、魔王討伐に参加して未帰還であった世界で『勇者』と呼ばれて伝説となった英雄と同じ名を名乗る少年だった。