三吉優太は遊太と名乗り八百万のプレイヤーをやっている。優太は手に入れた漁船で漁に出ると、大手のクランの鏡の騎士団がシー・ドラゴンを艦隊で狩る場面を目撃する。 　だが、シー・ドラゴンが流した血によりクラーケンが呼び寄せられ艦隊は敗北する。 　遊太はそこで水上タクシーだと名乗って、海上に残されたプレイヤーのローサたちを乗せる。ローサたちを漁船に乗せてマンサーナ島の港に帰ると、大手クランの白頭の鷲、と黒船海賊団が襲ってくる。優太とローサは荷物を持って逃げるが、荷物を奪われる。 　翌日、ログインして鰹漁を終えた優太は鰹節を作ろうとして鰹節製造機の中に隠された賢者の石の欠片を偶然に発見する。八百万では現実世界にVRMMOのアイテムを持ち出すことができる。賢者の石を現実世界に持ち出せば、一億円は下らない。 　オーエン、テッド、スティーブン、茨姫と共に賢者の石の秘密を追う。賢者の石は欠片が鮪や鰹の血合いの部分にできることを優太は知る。 　通常、賢者の石の欠片から賢者の石は合成できない。だが、宇宙人が操るユニーク・キャラクターのコンスタンスなら、賢者の石が作れると判明。また、賢者の石を作らなくても海底から噴き出すマナを使えば、マンサーナ島にレジェンドモンスターをよべると判明。 　ここで、鏡の騎士団、白頭の鷲、潮の理の大手クランによる争いが勃発する。 　優太は潮の理に味方する。海賊の協力もあって潮の理が勝利する。島に平和が戻る。だが、潮の理に海賊が味方した理由は、封印された時のネフェリウスを呼び出し倒すことだった。 　ネフェリウスの討伐に漁師の協力が不可欠だった。優太はネフェリウス出現時に、マンサーナ沖にネフェリウスの影と呼ばれる大きなシャチが出ることを知る。 　ネフェリウスの影に挑むために優太は特別な銛を買おうとする。だが、海賊の義経も銛をほしがり、先に黄金鰹を釣った者が銛を手に入れるとなり釣り勝負になる。