みなみ、北斗、武、きいろ、真の五人は百年に一度の流星群を見終わった後、間近で破裂した星の光を浴びるという不思議な体験をする。 それを奇跡と確信したみなみは、自分と四人をミラクル✰5というチームとし、同じ場所で星空を見ようと提案すると、四人も賛同した。 十年後、同じ場所で星空を見ていた五人は、接近してきた星に飲み込まれ、別次元の幻想宇宙へ誘われる。 そこで謎の人物セロから、五人は宇宙の危機を救う為に選ばれ、奇攻機(キセキ)と名付けられた巨大ロボットで、全宇宙の破壊を目論むダークマーダラーと戦って欲しいと頼まれてしまう。 この時の五人の決断が、自分達と全宇宙の運命を大きく左右することになるのだった。