未知の脅威、妖魔が現れた日本。国は秘密裏に魔法少女育成のための学園を設立し、妖魔への対抗策としていた。 そんな中、その学園に新入生として入学した水瀬かすみは、学園に潜んでいた白銀の妖狐と契約を結ぶことになる。かすみは妖魔の真実を知り、人間と妖魔の戦いを止めるべく、第三勢力として活動していく。