寛永期の江戸を舞台に、表は薬種商、裏は幕府の隠密として活動する神谷道三とその弟子・清吉。ある日、向かいの屋敷の不審な動きから、豊臣残党の策謀を探知する。特殊な火薬と大筒の設計図、そして江戸の地下を探る動きを発見した道三たち。追手との戦いの中、伊賀流の古い印と「地底の間」の存在を示す暗号を発見。江戸の地下に眠る秘密と、伊賀流の歴史が交錯する物語の幕が上がる。